在这部面包超人：苹果男孩与大家的愿望动画片中,在蔚蓝的天空上，飘浮着一个长满苹果的小岛——苹果岛。那里风景秀美，安静祥和，憧憬成为超级英雄的苹果男孩（井上真央 配音）和伙伴们过着无忧无虑的快乐生活。谁知某一天，岛上的苹果不知被什么人下了毒，阴云瞬间笼罩全岛。为了拯救最为重要的家乡，苹果男孩决心寻找世界上最大的苹果种子——“魔法之种”。他鼓起勇气，独自上路，可是在飞越大海期间却被雷电袭击。关键时刻，面包超人（户田惠子 配音）及时出现，将苹果男孩从危险中救了出来。苹果男孩随着面包超人来到果酱爷爷（増冈弘 配音）的面包作坊，在喝完新鲜的苹果汁后恢复了活力，他在面包超人的陪伴下再度上路。与此同时，毒害了苹果岛的邪恶魔女（岡田圭右 配音）正秘密进行污染全世界的恐怖计划。
面包超人和苹果男孩能否成功阻止这次危机呢？
