在这部名侦探柯南OVA5：目标是小五郎！少年侦探团的秘密调查动画片中,老师给小学生们留了作业，让他们考察周边的店铺，并整理店家的业务性质和工作内容。元太、灰原等人各抒己见，却始终没有统一的决定。最终光彦灵机一动，提议以少年侦探团的名义来采访毛利小五郎。侦探团的少年们童言无忌，口无遮拦，提出各种各样奇奇怪怪的问题，令小五郎实在难以招架。危急时刻，小五郎借口逃遁，而光彦、元太、步美、哀众人锲而不舍，小心翼翼尾随小五郎的身后，柯南也不得以跟随他们行动。粗心的大侦探只顾监视一个名叫村上雅也的男人，完全没有注意到后面的少年侦探团。然而，少年们还是不慎暴露行踪，正当小五郎对他们大发雷霆时，村上雅也却被几个人抓入汽车中带走。柯南他们能否圆满解决这个案件？
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