在这部机巧魔神2动画片中,有着复杂家庭环境的男主角夏目智春在三年前空难意外幸存后,开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭,在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸,同日,穿着黑色服装的美女黑崎朱里受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春,并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。以得到此手提箱为契机,智春得知了世界隐藏的真实--神舍弃了人类,这个世界曾遭一次毁灭,借助“恶魔”之力再生为“第二度世界” 。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春,却又遇上了自称恶魔的巫女,还有同样被幽灵缠上的学生会长等人,男主角身边围绕了众多精彩的各型美少女们,轰轰烈烈的故事也该就此开始了……
While being forced to clean the school pool Tomo and the rest of the Science Club stumble across an underground cavern which leads them to the Rakuroa Ruins. Here Tomo sees a strange vision of an alternate world. However, before he can learn more the group is attacked by Castas Machina guarding the ruins and Touru has to show up to save them.
这世界本没有绝对的善,同时也没有绝对的恶。