在这部斗士高迪安动画片中,彗星ソコネスの異常接近により起きたビッグカタストロフは、地球に天変地異をもたらし、すべての文明を破壊した。復興をはじめた人々は各々の地に都市（タウン）を創り、そのタウンごとに暮らすことを余儀なくされる。その混乱に乗じて謎の毒魔大帝統率いる秘密結社、マドクター軍団は各タウンに侵略を開始した。アメリカ西部のヴィクトールタウンを守るメカニカル・コンバット部隊第18連隊に加入したダイゴは、父の遺したゴーディアンを駆使してマドクター軍団と戦う。
ゴーディアンの秘密、ヴィクトールタウンの秘密、ダイゴ自身に隠された秘密、そして「太陽のすかし」とは、一体何か？そして訪れる更なるビッグカタストロフから逃れる術は？ダイゴたちとマドクターは謎のエネルギー、イクストロンを巡る激闘を繰り広げる。
