在这部细菌大作战动画/儿童片中,生病了，人的身体里究竟发生了什么人体内部的小肠，成了你争我夺的战场。阿力是白细胞三人小分队的“带头大哥”，他与队员淑琳、小胖各司其职，清剿入侵人体的病菌。幽龙、莲丝夫人和葛兰大王则是病菌三人组，他们在人体兴风作浪、为非作歹，是病痛的始作俑者。
致病军团发起攻击，阿力、小胖身陷包围。不期而至的安特上尉，扭转了战局。但是，安特使用的大规模杀伤性武器——抗生素，在消灭病菌的同时，有益菌也跟着遭殃。傲慢的上尉与永不服输的阿力发生了争执。
战场中的漏网之鱼——幽龙仓皇逃回老巢，哭诉着向主子求助。惊悸之余，狡黠的莲丝夫人发现了幽龙身上的变异，他们如获至宝，一个超级阴谋开始酝酿……大战在即，白细胞小分队的命运如何？他们与安特上尉的恩怨如何化解？他们共同的主人又能否恢复健康？
让大战来告诉我们答案！
